15年前，一场前所未有的大灾难“第二次冲击”席卷全球，令半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。15年后的日本，14岁的少年碇真嗣被三年未见面的父亲碇源堂召来第3新东京市，等待接驳时，眼前的山间突然出现被称为“使徒”的巨大神秘生物。联合国军队正与使徒展开激烈交战，但使徒展开类似防护罩的“AT力场”，将攻击通通挡下。真嗣受到波及陷入危机，前来接迎的葛城美里将他救出，并载着他来到特务机关NERV本部。真嗣和父亲久别重逢，却马上被父亲带往参观巨大人型兵器“终极泛用人型决战兵器 人造人福音战士”（简称EVA）的初号机，更被冷酷地要求驾驶初号机与使徒对抗。虽然真嗣采取反抗态度，但在看到要替补他的女性驾驶员绫波丽的伤势后，终于否定了逃避念头，决意出击……